태동: 1955년 한국지부 설립

노기남 대주교가 한국 젊은이들의 영적, 지적 교육을 위해 한국에 가톨릭 대학 설립을 예수회 로마 본부에 요청한 것이 예수회 한국관구의 태동이었다고 할 수 있다. 1954년 베드로 아루페 일본 예수회 관구장이 한국 예수회 설립을 위해 게페트트 신부를 한국에 파견하였다. 1955년 예수회 한국지부가 미국 위스콘신 관구에서 진출하여 드디어 설립되었으며 1957년 길로련 신부가 예수회 한국지부 공동체 원장으로 임명되었다. 

1960년 서강대학이 개교하였으며 1961년부터 예수회가 광주 대건신학교를 위탁 운영하기(1969년까지) 시작하였다. 1964년에 존 P. 데일리 신부가 예수회 한국지부 제1대 지부장으로 임명되었고 같은 해 예수회 수련원이 설립되었다. 1966년에는 산업문제연구소를 설립하였는데 이 분야 연구소로서는 사실상 한국에서 최초였다. 

1969년에는 제2대 지부장으로 프라이스(Basil M. Price) 신부가 임명되었다. 1973년에는 말씀의 집(피정의 집)이 개원하였고 이듬해 제3대 지부장으로 콜라쉬(Eugene C. Kollasch) 신부가 임명되었으며 예수회 신학원이 설립되었다. 1980년에는 제4대 지부장으로 이한택 신부가 임명되어 최초의 한국인 지부장이 탄생하였다.

발전기: 1985년 독립지구로 승격

1985년에 예수회 한국지부는 독립 지구로 승격하여 제1대 지구장으로 정한채 신부가 임명되었고, 1991년에는 제2대 지구장으로 안병태 신부가 임명되었다. 같은 해에 사회 사목 공동체인 한몸 공동체가 설립되었다. 1993년에는 이냐시오 영성 연구소를 설립하였고 이듬해 김정택 신부가 제3대 지구장으로 임명되었다. 1996년에는 충북 괴산에 농촌 사목을 위한 누룩 공동체를 설립하였고 같은 해 전북 완주에 예수회 영성사목연수원을 설립하였다.

1999년에는 아루페 공동체가 서울 마포에 설립되었고 같은 해 3월에 예수회 한국지구 본부와 예수회 성소 후원회 건물이 서울 마포에 신축 건립되었다. 2000년에는 제4대 지구장으로 채준호 신부가 임명되었다.

도약기: 2005년 관구로 승격

2003년에는 광주에 파베르 공동체를 설립하였고 같은 해 새얼 공동체 축성식, 새샘터 청소년 공동체 축성식이 열렸으며, 이듬해 2004년에는 예수회 영성사목연수원을 영성연수원으로 변경하였다. 2005년은 예수회 한국진출 50주년이 되는 해였다. 바로 이 해에 관구로 승격되어 제1대 관구장에 채준호 신부가 임명되었다. 같은 해에 이주노동자의 집 ‘이웃살이’ 축성식이 열렸다.

2006년에는 캄보디아 미션을 설립하여 이를 위한 관구장 대리로 제병영 신부가 임명되었다. 2007년에는 순천 예수회 영성센터 축복식이 열렸고 2008년 제2대 관구장으로 신원식 신부가 임명되었다. 이듬해부터 서울 서대문구 북아현동에서 ‘지원자의 집’을 시작하였고 같은 해 서울 평창동에서 성이냐시오의 집 축성식이 열렸으며 예수회 센터 축성식도 열렸다.

안정기: 2010년 이후 왕성한 활동

2010년에는 예수회 한국관구 전체모임을 시작으로 재단법인 기쁨나눔이 설립되었고 이웃살이가 김포에서 통진으로 이전하였으며 바우네집이 만수동에서 김포시로 이전하였다. 2011년에는 8월에 한국관구 총회가 열렸고, 이듬해에는 마지스(Magis) 예수회 청년센터가 설립되었으며 한누리지역아동센터를 한누리아동센터로 개명하였다.

2014년 제3대 관구장으로 정제천 신부가 임명되었고 2015년에는 제주 강정마을 디딤돌 공동체(강우일 주교) 축성식이 열렸다. 디딤돌 공동체는 2018 년에 독립공동체로 인가되었다. 같은 해에 경기 김포의 바우네 집도 독립공동체로 인가되었으며 서울 은평구에 성 요한 베르크만스의 집이 설립되었고 역시 은평구에 성 알베르토 우르타도 공동체가 설립되었다.